フェリー
北海道発
| 出発港 | 行き先 |
| 北海道 : 苫小牧港 | 青森県 : 八戸港 |
| 北海道 : 函館港 | 青森県 : 青森港 青森県 : 大間港 |
| 北海道 : 稚内港 | 北海道 : 鴛泊港（利尻） 北海道 : 香深港（礼文） |
| 北海道 : 鴛泊港（利尻） | 北海道 : 稚内港 |
| 北海道 : 香深港（礼文） | 北海道 : 稚内港 |
東北発
| 出発港 | 行き先 |
| 青森県 : 青森港 | 北海道 : 函館港 |
| 青森県 : 大間港 | 北海道 : 函館港 |
| 青森県 : 八戸港 | 北海道 : 苫小牧港 |
| 山形県 : 酒田港 | 山形県 : 飛島港 |
| 山形県 : 飛島港 | 山形県 : 酒田港 |
東海発
| 出発港 | 行き先 |
| 愛知県 : 師崎港 | 愛知県 : 伊良湖港 |
| 愛知県 : 伊良湖港 | 愛知県 : 師崎港 |
関西発
| 出発港 | 行き先 |
| 大阪府 : 大阪南港 | 福岡県 ： 新門司港 大分県 ： 別府港 宮崎県 ： 宮崎港 鹿児島県 ： 志布志港 |
| 大阪府 : 泉大津港 | 福岡県 ： 新門司港 |
| 関西空港 | 神戸空港 |
| 兵庫県 : 神戸港 | 福岡県 ： 新門司港 大分県 ： 大分港 香川県 ： 高松港 |
| 神戸空港 | 関西空港 |
四国発
| 出発港 | 行き先 |
| 香川県 ： 高松港 | 兵庫県 : 神戸港 |
| 高知県 : 宿毛港 | 大分県 ： 佐伯港 |
九州発
| 出発港 | 行き先 |
| 福岡県 ： 新門司港 | 大阪府 : 大阪南港 大阪府 : 泉大津港 兵庫県 : 神戸港 |
| 福岡県 ： 三池港 | 長崎県 : 島原港 |
| 長崎県 : 島原港 | 福岡県 ： 三池港 |
| 大分県 ： 大分港 | 兵庫県 : 神戸港 |
| 大分県 ： 別府港 | 大阪府 : 大阪南港 |
| 大分県 ： 佐伯港 | 高知県 : 宿毛港 |
| 宮崎県 ： 宮崎港 | 大阪府 : 大阪南港 |
| 鹿児島県 : 志布志港 | 大阪府 : 大阪南港 |
| 鹿児島県 : 鹿児島港 | 鹿児島県 : 西之表港（種子島） 鹿児島県 : 安房港（屋久島） |
| 鹿児島県 : 西之表港（種子島） | 鹿児島県 : 鹿児島港 |
| 鹿児島県 : 安房港（屋久島） | 鹿児島県 : 鹿児島港 |
